La trama di S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky inizia un anno prima degli eventi narrati nel primo episodio di S.T.A.L.K.E.R., ovvero nel 2011.

Un gruppo di s.t.a.l.k.e.r. ha raggiunto per la prima volta il centro della Zona – la centrale nucleare di Chernobyl, e dà il via a un cataclisma. Un immensa esplosione di energie anomale cambia per sempre la Zona. Non ci sono più percorsi affidabili e relativamente sicuri. Interi livelli svaniscono, spazzati via da raffiche di energie anomale. Stalker e persino intere spedizioni periscono all’istante o si smarriscono nei territori perduti. Nuove aree, rimaste ignote sin dal tempo della nascita della Zona, appaiono misteriosamente sulla mappa. La Zona continua a essere scossa dalle esplosioni. La sua instabilità e l’attività anomala sono ai massimi livelli.

Continui cambiamenti alla mappa della Zona così com’era conosciuta agli stalker scuotono il fragile equilibrio delle forze all’interno della Zona. Scoppiano lotte tra le varie parti in causa: tutti vogliono aggiudicarsi i nuovi territori, i campi di artefatti e rivedere le sfere di influenza. I vecchi patti e le vecchie amicizie (o inimicizie) non contano più nulla: ora tutti pensano solo a sé stessi. La guerra delle fazioni ha avuto inizio.

Il vostro alter-ego è un mercenario che vive ai margini dello scontro tra le fazioni degli stalker, delle vicende di Strelok e persino della Zona stessa. I giocatori saranno protagonisti degli eventi chiave che vanno dalla creazione della Zona sino all’inizio del primo episodio di S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl.

Cosa attende gli s.t.a.l.k.e.r. nelle distese selvagge della Zona? Quali nuove sfide e pericoli presentano i nuovi territori? Perché la Zona è scossa da continue esplosioni? Perché la Zona è cambiata? È possibile stabilizzarla? Quale fazione assumerà la supremazia alla fine della lotta fra clan? Per quale motivo Strelok è finito nel camion della morte? Cosa è accaduto a Strelok prima di allora? Erano possibili scelte diverse? Queste e molte altre domande otterranno risposta nel prequel ufficiale, S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky.